Pada 1978 ia bahkan ikut dalam gerakan menentang pemilihan kembali Soeharto menjadi presiden, hal itu membuatnya diberikan ruang di sel selama 18 bulan lamanya.
Setelah keluar dari penjara tersebut Rizal Ramli banyak meniti pendidikan di luar negri dan memperoleh gelar doktor dari Boston University kemudian kembali pulang ke tanah air Indonesia.
Sepulangnya di Indonesia ia mendirikan Econit (1992) lembaga untuk mengkaji ekonomi dan menuai banyak reputsiatas mengkritisi kebijakan pemerintah yang dirasakan tidak fair bagi masyarakat terutama masyarakat kecil.