Pada Februari 2013, Milla menjadi pelatih tim Liga Pro UEA, Al Jazira Club.
Pertandingan pertamanya sebagai pelatih adalah kekalahan 1-3 dari Tractor Sazi F.C. pada Liga Champions AFC 2013.
Milla kembali ke Spanyol pada 2015, menandatangani kontrak sebagai pelatih kepala klub Segunda División, CD Lugo dan mengundurkan diri pada akhir Februari 2016 dalam keadaan yang tidak jelas.
Baca Juga:Rupanya Ini Manfaat Bermain Teka – TekiDeretan Teka-Teki Makanan dan Minuman MPLS
Pada musim berikutnya bergabung dengan Zaragoza di Segunda División, dipecat setelah hanya empat bulan bertugas dan enam pertandingan tanpa kemenangan.
21 Januari 2017, Milla menggantikan Alfred Riedl di pucuk pimpinan timnas Indonesia dengan menandatangani kontrak dua tahun.
Kemudian Oktober 2018, kontraknya di putus oleh Persatuan Sepak Bola Seluruh Indonesia.