memerlukan file BIOS PlayStation 2 untuk dapat dijalankan, sehingga pengguna harus mendapatkan file BIOS tersebut dari perangkat PlayStation 2 mereka sendiri dan tidak dapat diunduh secara gratis. Selain itu, performa PCSX2 juga tergantung pada spesifikasi komputer yang digunakan, sehingga pengguna harus memiliki komputer dengan spesifikasi yang memadai untuk menjalankan Emulator biasanya digunakan dengan baik.
PCSX2 juga mendukung berbagai plugin untuk meningkatkan performa dan kualitas visual dari game yang dijalankan, seperti plugin grafis dan audio. Selain itu, PCSX2 juga memiliki berbagai opsi konfigurasi yang dapat disesuaikan oleh pengguna sesuai dengan preferensi mereka.