Lalu Hagia Sophia berubah fungsi menjadi museum dari tahun 1935 sampai tahun 2020 dimana museum ini menjadi salah satu bukti nyata toleransi kuat dalam beragama dimana hiasan dan orgnamen yang ada, dari mulai menjadi gereja sampai menjadi masjid tidak ada yang dirubah atau dihilangkan.
Tak lama dari itu pada tanggal 10 Juli 2020 Pemerintah Turki mencabut status Hagia Sophia dari museum menjadi masjid dan pada tanggal 24 Juli adalah pertama kali Masjid Hagia Sophia melaksanakan salat jumat pertamanya sebagai masjid kembali.
Keunikan yang sangat menonjol dari Hagia Sophia adalah memiliki dua kepribadian serentak dimana menampilkan ciri khas kristiani yaitu lukisan Yesus dan Bunda Maria, dan di satu sisi lainya yang sejajar terdapat tulisan lafaz Allah dan Muhammad SAW yang menampakan kemegahan islam. Dan berbagai keunikan lainnya yang bica mencuri mata siapapun yang melihatnya.